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一种基于“基因表达谱”的并行聚类算法  CNKI文献

跨物种的生物序列比较已经被广泛应用于基因功能预测,而越来越多的实验表明序列相似性并不足以保证基因功能相似.为了精确确定基因功能,不仅需要考虑序列性质,还需探索基因表达信息的特性,因为基因表达的改变往往伴随...

郎显宇 陆忠华... 《计算机学报》 2007年02期 期刊

关键词: 聚类分析 / 基因表达谱 / 分层聚类 / 负载平衡

下载(547)| 被引(23)

Tiling Array技术与应用研究进展  CNKI文献

Tiling Array实验技术是从传统的微阵列(microarray)基因芯片技术发展而来,在Tiling Array新技术产生发展的5年间,它已经成为了全基因组生物信息挖掘的主要工具,其高密度、高通量的特性使人们可以从全基因组水平考察生...

郎显宇 王俊... 《科学通报》 2008年03期 期刊

关键词: Tiling / Array / 生物信息学 / 高通量

下载(751)| 被引(1)

“基因电脑克隆”软件SiClone的并行优化研究与实现  CNKI文献

生物信息学中,发现、鉴别新基因是承上启下的一步,它既承接了过往如“基因组测序”的工作,又是未来“后基因时代”研究的基石.“基因电脑克隆”是利用计算手段发现、鉴别新基因的方法,SiClone软件实现了“基因电脑克...

郎显宇 陆忠华... 《生物数学学报》 2006年04期 期刊

关键词: “基因电脑克隆” / “后基因时代” / PSiClone / NCBI

下载(79)| 被引(2)

分子空间结构比较方法优化与点部署的并行实现  CNKI文献

分子空间结构相似性比较的指标函数可以定量地描述两个分子空间结构相似性大小,但难题在于如何确定分子初始相对位置,以保证得到全局最优叠合.由于以往都是利用程序随机生成初始相对位置,所以没有规则也不确定.为保证...

郎显宇 牛北方... 《计算机研究与发展》 2005年06期 期刊

关键词: 相似性指标函数 / 全局优化 / 叠合 / “均匀设计”

下载(91)| 被引(0)

InsPecT的2种并行优化方案  CNKI文献

InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定,但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明,以主从模式并行的InsPecT软件通过动态数据分配和主从处理...

涂强 郎显宇... 《计算机工程》 2010年06期 期刊

关键词: 蛋白质翻译后修饰 / InsPecT软件 / 盲搜索 / 对等模式

下载(42)| 被引(1)

蛋白质序列及其翻译后修饰鉴定的盲搜索算法评价  CNKI文献

蛋白质翻译后修饰鉴定是计算蛋白质科学的重要研究方向,研发速度快和精度高的鉴定算法及软件,是该方向的一个主要问题。本文回顾了蛋白质翻译后修饰鉴定的各类算法,并主要对蛋白质序列及其翻译后修饰鉴定的盲搜索算法...

黄潘育 郎显宇... 《科研信息化技术与应用》 2014年01期 期刊

关键词: 蛋白质序列 / 翻译后修饰 / 盲搜索 / 限定性搜索

下载(90)| 被引(1)

超大规模序列比对计算的并行优化  CNKI文献

针对生物信息学研究中的超大规模序列比对计算问题进行了研究,解决了现有的e-PCR软件包在处理小麦基因引物扩增比对任务中存在的内存瓶颈、I/O瓶颈和计算时间瓶颈问题,利用数据和任务分割的基本方法,使其最关键的引物...

曹宗雁 郎显宇... 《计算机应用》 2011年S2期 期刊

关键词: 并行计算 / 生物信息学 / 分子标记 / 序列比对

下载(127)| 被引(3)

InsPecT的千核并行及优化  CNKI文献

蛋白质翻译后修饰(PTMs)在复杂的生命过程中起到极其重要的调控作用,对蛋白质翻译后修饰的研究是对蛋白质结构及其功能分析的深入,也是当前蛋白质组学的重要方向。InsPecT软件由于具备盲搜索功能,在蛋白质翻译后修饰鉴...

涂强 郎显宇... 《科研信息化技术与应用》 2010年04期 期刊

关键词: 蛋白质翻译后修饰鉴定 / InsPecT / 负载平衡 / 千核

下载(17)| 被引(1)

隔离迁移(Isolation with Migration)模型数值计算的并行实...  CNKI文献

在群体遗传学和分子生态学研究中,种群的分化分析是一个重要的内容。IM(Isolation with Migration)模型以DNA序列数据为基础同时评估两个种群分化过程中分化时间和迁移概率。IM模型能够模拟许多真实世界中一个种群分行...

周纯葆 郎显宇... 《科研信息化技术与应用》 2012年01期 期刊

关键词: 隔离迁移(Isolation / with / migration)模型 / MCMC方法

下载(119)| 被引(1)

mRNA可变剪接问题的并行化研究  CNKI文献

对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的...

牛北方 郎显宇... 《计算机应用研究》 2008年03期 期刊

关键词: 可变剪接 / AltSplice / 并行化 / 表达序列标签(EST)序列库

下载(170)| 被引(1)

一种Tiling Array信号识别流程的并行优化  CNKI文献

针对一种非常有效的信号识别算法——滑窗法(sliding window,SW),在其嵌入的串行信号识别流程基础上提出并行处理方案,并基于MPI(message passing interface)平台实现并行优化版本。这在基因芯片研究领域是个崭新的思...

余晓哲 郎显宇... 《计算机应用研究》 2008年06期 期刊

关键词: 基因芯片 / Tiling / Array / 信号识别流程

下载(54)| 被引(0)

Motif识别算法简介及软件性能研究  CNKI文献

Motif在转录和后转录水平的基因表达调控中起着重要的作用。目前,识别Motif的算法和相应的软件已有不少,但是却鲜有对各种算法及软件性能共同评测的研究和报告。介绍了算法的分类以及三种常见的Mo-tif识别算法W ordup...

朱骥 杨华... 《计算机应用研究》 2006年10期 期刊

关键词: Motif / Wordup / MM / Gibbs采样

下载(500)| 被引(14)

基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究  CNKI文献

对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器(GPU)对步骤数据库检索及...

翟艳堂 涂强... 《计算机应用研究》 2010年09期 期刊

关键词: 蛋白质翻译后修饰鉴定 / MS-Alignment / 图形处理器 / 统一计算设备架构

下载(159)| 被引(5)

四种肿瘤体细胞单核苷酸突变检测方法的比较  CNKI文献

随着高通量测序成本的不断降低,基于DNA测序技术的肿瘤基因组研究已经成为揭示肿瘤分子机制的主流方法,并在临床诊断和治疗中逐渐得到应用。肿瘤体细胞单核苷酸突变变异(single nucleotide variant,SNV)作为最简单的一...

李晓东 何小雨... 《科研信息化技术与应用》 2017年06期 期刊

关键词: 体细胞单核苷酸变异 / 基因序列 / 突变检测 / 假阳性

下载(54)| 被引(0)

基于新测序技术的比对与组装算法  CNKI文献

针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列,对不能定位的read采取...

牛北方 张西广... 《计算机工程》 2009年20期 期刊

关键词: 序列比对 / 组装 / 新测序技术

下载(451)| 被引(3)

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